企业已将三证合一，国税中未更改纳税人识别号，但在海关已更改为统一的社会信用代码。进口环节增值税专用缴款书是否能正常进行比对扣税？

可以扣除。针对一张三证新旧号关联不正确的问题，收款管理在系统中设置了专有功能。