.根据规定，土地增值税应予以清算。如果一家房地产公司只有一个项目，且该项目仅开发一个阶段，则清算单位的确定非常简单。然而，现实中，一家房地产公司往往有很多项目，每个项目都要分多个阶段进行开发，因此清算单位的确定比较复杂。之所以要澄清这个问题，是因为清算单位的确定直接关系到企业的税负。
《土地增值税暂行条例实施细则》规定，土地增值税以纳税人房地产成本核算最基本的核算项目和核算对象为基础。这些规定原则性太强，在实际工作中难以把握，国家税务总局在《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）中进一步明确了清算单位。通知第一条规定：“土地增值税以国家有关部门批准的房地产开发项目为单位进行清算。”显然，这一规定比《土地增值税暂行条例实施细则》更为具体，但也存在一些模棱两可的情况。核心是对“国家有关部门”的理解。因为在房地产开发过程中，有很多国家相关部门需要审批。例如，国家发展和改革委员会、规划局和城市建设局应该得到哪个部门的许可？地方税务机关根据对187号文件的理解，制定了不同的规定。它可以分为三类。
1. 以规划部门出具的《建设用地规划许可证》作为确定清算单位的依据。
但是，建设用地规划许可证仅给出土地的位置、范围、性质和其他相关指标。规划许可证未规定房地产公司在该土地上开发的项目如何分阶段进行。通常一个房地产开发项目只有一个建设用地规划许可证。以《建设用地规划许可证》为清算单位，由于清算单位大，清算复杂，可能影响税收的及时准确入库。
2. 以规划部门颁发的《建设工程规划许可证》和建设部门颁发的《建设工程建设许可证》作为确定清算单位的依据。
但是，建设项目规划许可证和建设项目建设许可证只是项目建设前的申请程序，只是土地上的建设项目，而不是项目本身。以《建设项目规划许可证》和《建设项目建设许可证》作为确定清算单位的依据，其结果与《建设用地规划许可证》正好相反。一个项目可分为若干清算单位。
3. 清算单位的确定以《固定资产投资项目登记证》或者国家发展改革委批准的《固定资产投资项目批准证书》为依据。
4. 以多个部门颁发的各种许可证作为综合评估的依据，确定清算单位。
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