.对审计中发现的问题进行整改是许多机构长期存在的问题。虽然审计发现问题的整改责任主要在被审计单位，但组织领导经常对审计部门进行批评，说审计部门对发现问题的整改监督不力。对于那些无权处罚、整天忙于完成审计任务的审计部门，往往无法督促被审计单位对审计中发现的问题进行整改。
从另一个角度来看，组织领导人可能更关心审计中发现的问题的整改，而不是审计部门发现的问题，因为问题的发生会给组织带来损失或风险，而问题的整改会给组织带来好处或损失。
在实践中,许多审计部门也积累了宝贵的经验,对审计中发现的问题进行监督整改。虽然不同的组织及其审计部门有不同的实际情况，但一些成功的经验现在可能不能借鉴，但将来可以借鉴。1. 建立审计发现问题整改台账和注销机制。
审计部门对每一被审计单位在审计中发现的问题建立整改台账，并在台账中明确整改责任部门、整改期限、整改意见等内容。此外，审计部门还可以针对不同的专业领域建立台账，以便由专业部门支持整改。审核部门对审核中发现的问题，通过跟踪审核或非现场验证的方式，对整改效果进行评价。对已整改的问题，应在台账上注销编号。对超过整改期限仍未完全整改的问题，一是发出限期整改通知书，二是通知组织，三是建议考核部门扣分等建立审计发现问题整改结果的公示机制。
虽然审计中发现的问题的整改结果可能不被视为评估要素之一，但如果在组织内部进行宣传，也会促使被审计单位的负责人更加重视问题整改。毕竟，管理干部仍然需要面子和声誉。宣传范围越广、透明度越高，被审计单位负责人推动问题整改的力度就越大。宣传机制还可以在组织内部形成舆论压力，督促被审计单位的责任部门和管理干部及时落实整改措施。
3. 建立整改评估与审计发现问题评估联动机制。被审计单位负责人对审计中发现的问题不重视整改的原因是整改结果不影响其绩效考核。如果将审计中发现问题的整改结果作为管理干部的绩效考核指标，至少在利益驱动下，被审计单位负责人会采取更多的实际行动，实现问题的整改。同时,审计结果的评价也可以列入管理干部经济责任审计报告,引起整改责任人的注意。
4. 建立审计部门与专业部门问题整改联动机制。
对于本组织的专业管理部门，也希望审计部门发现的问题能得到被审计单位的有效纠正，因为如果不纠正，专业管理部门也将承担相应的管理责任。专业管理部门参与监督被审核方问题整改。最大的好处是专业管理部门可以针对问题的整改提出更专业、更有效的整改建议。此外，如果涉及系统和流程的顶层设计，专业管理部门也是负责问题整改的部门之一。
5. 建立分类监督机制，对审计中发现的问题进行整改。审计发现了各种问题，有的涉及机制和制度问题，有的涉及产业问题，有的涉及战略实施问题，有的涉及运营问题，等等。根据审计中发现整改的紧迫性，也可分为立即整改、限期整改、根据整改计划进度完成整改等。通过对审计发现进行分类，可以对审计发现进行分类和监督。虽然在审核中发现的一些问题在被审核方身上出现，但如果涉及到顶层系统，被审核方自身不会完全纠正。无论在审计中发现什么样的问题整改机制，不仅难以依靠审计部门的力量建立，即使建立了也难以有效运作；即使有组织领导的支持，如果没有专业管理部门的合作，也很难建立或有效运作。对审计中发现的问题进行整改和监督，确实会消耗审计部门的大量精力。一方面，审计部门应及时与组织领导沟通并获得支持。另一方面也要结合实际,做好规划,稳步推进。对审计中发现的问题的整改和监督不可能一蹴而就。审计部门不仅要顶住实施监督的压力,而且要动脑探索问题整改监督的新途径,新方法,调动一切可以调动的力量,共同推动审计发现问题的整改。
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