问：当一家企业（普通纳税人）破产并进行清算时，它将土地、厂房（以增值税代替营业税之前自建）、机器和设备转让给政府的城市投资公司。土地、房地产、树木和机械的估计价格在资产评估报告中单独列出。企业长期没有员工。
这一问题包含以下困难，逐一分析（土地增值税、企业所得税和其他税收应按规定征收）
一、重组增值税无税政策是否适用？
根据国家税务总局2011年第13号公告，纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将其全部或部分实物资产及其关联的债权、债务和劳动力转移给其他单位和个人，不属于增值税范围，涉及的货物转让不征收增值税。但是，在企业破产清算的情况下，仅转让资产、不转让负债（通过破产程序）和长期无员工不符合增值税不征税的条件。
二、自建房地产和土地转让是否应分开计算和支付？
根据《财政部、国家税务总局关于全面推进营改增试点的通知》（财税[2016]36号）附件1、《营改增试点实施办法》及《销售服务须知》，无形资产和房地产规定：“三、房地产销售
”……转让建筑物的有限产权或永久使用权，转让在建建筑物或构筑物的所有权，同时转让该建筑物或构筑物占用土地的使用权的，按销售不动产缴纳增值税。“
此外，根据CS[2016]附件2第1条第2项、第8项第36条，普通纳税人在2016年4月30日前出售自建房地产时，可选择采用简单计税法，以取得的总价和非价格费用作为销售额，按5%的征收率计算应纳税额。
因此，企业转让房地产时，无论房价和地价是否分开计算，均应按房地产销售额缴纳增值税。由于该房屋为自建房屋，不适用差别纳税的规定，即不能扣除该房地产的原购买价格或取得该房地产时的价格。
3、地面上的绿树适用什么税率？它需要和土地一起纳税吗？
目前出售树木的税率是9%。如果树木单独定价，请参阅2011年农林牧渔业总局第48号公告。企业购买的农、林、牧、渔业产品将在自有或租赁的场地种植、养殖，经过一定的生长周期后，如果这一环节的农产品加工没有显著提高农产品的使用价值，其生物形态将发生变化，可视为农产品种植养殖项目享受相应的税收优惠。
如果树木不单独定价，根据财政部和国家税务总局关于扣除固定资产进项税的通知（财税[2009]113号），《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十三条第二款所称建筑物，是指人们可以生产、生活和从事其他活动的房屋或场所，具体为：《固定资产分类与编码》（GB/t14885-1994）前两个编码为“02”的房屋；建筑物是指不生产、不居住的人工建筑物，具体为《固定资产分类与编码》（GB/t14885-1994），编码前两位为“03”；其他土地附着物是指在土地上生长的矿产资源和植物，属于土地附着物。
因此，绿色植物如果单独定价，可以免征增值税；不单独计价的，应当与土地、房屋一并纳税。
4、机械设备的销售应视为销售中使用的固定资产。
普通纳税人出售其使用过的固定资产时，一般税率为13%，并可开具增值税专用发票。
适用简单计税的，可以减按2%的税率征收，不开具增值税专用发票；您也可以选择放弃减税，以3%的税率征收，并可以开具征收率为3%的增值税专用发票。
普通纳税人使用的固定资产的销售适用以下简单的税收计算：
（1）2009年1月1日增值税转型改革前购买的固定资产；
（二）小规模纳税人购买的固定资产；
（三） 原营业税纳税人将营业税前购置的固定资产改为增值税；
（四） 外购固定资产按第十条规定执行增值税暂行规定，增值税不予抵扣，也未抵扣。
１. 用于简单计税方法的购进货物、劳务、服务、无形资产和房地产、免征增值税的税目、集体福利或个人消费；
２. 非正常损耗的采购货物及相关劳务、运输服务；
３. 非正常损失的在产品和产成品所消耗的外购货物（不含固定资产）、劳务和运输服务；
（四）国务院规定的其他事项。
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