根据规定，土地增值税应当清算，但清算方式是企业和税务机关需要认真对待的问题。
根据现行税法，土地增值税清算只有两种方式，一种是审计清算，另一种是核实清算。土地增值税清算是审计清算还是验证清算，税务机关和纳税人都应根据法律规定做出选择。
特别是在核实和清算方面，国家税务总局下发的《国家税务总局关于加强土地增值税征管的通知》（国税发[2010]53号）规定：，“核定征收必须严格按照税收法律法规规定的条件进行，任何单位和个人不得擅自扩大核定征收范围，实行“以核定为主，以核定为主，“一验证”与“寻省速度”“严禁清算。擅自将核定征收作为区内土地增值税清算的主要方式的，必须立即予以纠正。确需核实征收的，应严格按照要求确定核实征收率税收法律法规体系。为规范验证工作，验证收集率原则上不低于5%。“
在什么情况下可以通过核准征收的方式进行清算？根据《土地增值税清算管理条例》（国税发[2009]91号）第34条，“符合下列条件之一的，可以核定征收。
（1） 依照法律、行政法规的规定应当设立会计帐簿，但尚未设立的；
（2） 擅自销毁帐簿或者拒绝提供纳税资料的；
（3） 虽然有账簿，但账目混乱或成本数据、收入凭证、费用凭证不完整，难以确定转让收入或扣除项目金额；
（4）企业符合土地增值税清算条件，逾期不办理清算手续，经税务机关责令逾期不清算的；
（5） 第三十六条规定：“分期开发的房地产项目，各期清算方式应当一致。”
换句话说，如果企业的开发项目分为多个阶段，如果按照批准的清算方法在第一阶段进行土地增值税清算，则后续阶段应按照批准的方法进行清算。
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